Deux plaintes ont été déposées contre le Docteur Dukan pour non respect du code de déontologie médicale.

Le conseil départemental de l'ordre des médecins de Paris porte plainte contre le Dr Dukan, suite à sa proposition de créer une option "anti-obésité" au bac. Il aurait enfreint l'article 13 du code de déontologie médicale : Un médecin doit faire attention aux répercussions de ses propos auprès du public ... et se garder à cette occasion de toute attitude publicitaire ou personnelle. Le médecin nutritionniste n'aurait pas pensé, pour sa proposition, aux jeunes filles obèses ou anorexiques.

Le conseil national de l'ordre des médecins dépose une seconde plainte en raison de l'ensemble des activités du Dr Dukan, liées à son régime (livres et abonnés au site Internet = 100 millions € de chiffre d'affaires par an) : l'article 19 demande que la médecine ne soit pas pratiquée comme un commerce.

Les autres médecins français qui mettent au point un régime et le commercialisent et ceux qui publient des livres et touchent des royalties vont-ils, eux aussi, être attaqués pour "activité commerciale" par l'ordre des médecins ? Le médecin nutritionniste Jean-Michel Cohen, qui a publié des livres et qui propose sur Internet un régime concurrent, a dit sur Europe 1 le lundi 26 mars 2012 : Il y a un grand embarras dans la profession médicale pour savoir si c’est répréhensible du point de vue commercial.